电影《特种兵归来3：绝密战场》由导演侯杰执导，傅浤鸣、任柯诺、张进、喻言、薛景瑞、夏侯镔、杨舒和沈璐等众多明星主演。故事发生在马跃的妻子莉莉怀孕期间，她被一伙匪徒绑架。在电话中断裂之前，聪明的莉莉将马跃送给她的定位手表藏起来。马跃意识到危险后，通知了龙卫和陆大山，并通过手表追踪到匪徒的行动路线。
然而他们遭遇了意想不到的困境，在追逐过程中陷入了一个民房里。原来是匪首刘飞龙发现了莉莉的手表，并转移走了她，并设下陷阱等待血狼张出现。
与此同时，在国外，黑狐与GM国际恐怖组织派来的特使亨特秘密会面。原来他早就是该组织成员之一。屏幕上播放着大规模示威游行视频画面，显示出人们对现政府政策深恶痛绝，并怀念前总统多达坤恩。雅塔发表电视讲话，呼吁民众反抗暴政，加剧了藤国政权的危机。
亨特与黑狐商议合作事宜：现任藤国总统已经不再忠诚，难以合作。他希望黑狐能够掌握权力，成为新的领导者。原来真正的坤恩总统早在下台之前就被亨特组织秘密逮捕并软禁起来，当年下野声明是由黑狐冒充发布的。如今他们再次使用相同手法，在黑狐重夺政权后安抚民众，并将藤国完全控制在国际恐怖组织手中。
亨特向黑狐提供了一支精锐武装力量，其中有一个人叫做水蛇，还有一个人叫做獠牙，而且这两个人都曾是前任总统多达坤恩的侍卫长。
雅塔公开行动起来，在记者发布会上谴责现政府种种劣迹。然而她注意到了扮成记者身份的獠牙，并私下告诉雅塔说已经救出了坤恩先生，现在要立即见她。雅塔不知道这是否是一个计谋，匆匆跟着獠牙前往。
雅塔终于见到了自己一直思念的父亲坤恩（实际上是黑狐），黑狐编造了一套谎言获得了雅塔的信任。他告诉雅塔，决定重掌政权，并让她以他的名义秘密召集支持他的几个军政要员开会。雅塔深信不疑，立刻开始联系这些秘密支持者们，黑狐的阴谋顺利展开！
龙卫三人继续追踪莉莉来到一个小渔村。水蛇威胁要杀害莉莉以逼迫三人放下武器投降。虽然受到折磨和惊吓，但勇敢的马跃放下武器保护怀孕中的妻子，并请求龙卫和陆大山离开。然而龙卫也放下武器与马跃并肩作战。
此时獠牙向黑狐报告捕捉到龙卫二人，并提醒说在杀掉他们之前，要获取一个重要的政治资本作为与某大国合作的献礼。
在雅塔和支持坤恩总统的军政要员与父亲举行会面宴会时，雅塔对黑狐吃蘑菇的举动产生了怀疑。因为真正的坤恩总统对蘑菇过敏。她偷偷拿走了黑狐用过的餐具，并去医院检查DNA。
龙卫被审问时一言不发，并透露出水蛇背后隐藏着一个故事。原来水蛇一家都曾受到黑狐暗中迫害，但他却选择认贼作父，并趁机制服了水蛇并逃离关押房间。
此时雅塔接到陆大川电话，在陆大山顺利加入后，两人整装待发前往解救被囚禁的龙卫和马跃以及莉莉。獠牙也来到渔村追捕雅塔，双方展开激战。然而水蛇被击毙之前告诉众人真正的前总统被关押在秘密监狱里。
龙卫三人和雅塔根据水蛇提供的线索潜入秘密监狱，经过一番激战，成功解救出真正的坤恩总统。就在黑狐即将发表政变宣言之际，他的阴谋被揭穿。
愤怒的黑狐指使獠牙开枪射击真正的坤恩总统，却误伤了保护父亲的雅塔。混乱中，黑狐试图逃离电视台大厦。然而由于身份暴露，GM组织派来杀手准备除掉黑狐。
在双方激战中，獠牙被击毙，但黑狐侥幸逃脱。惊慌失措的黑狐跑向一个十字路口时遭到GM组织汽车撞击，并发生了车祸。幸存下来后他仰面朝天庆幸自己还活着，在这时龙卫、马跃和陆大山赶到现场，并给他一枪致命。
在医院里，真正的坤恩总统坐在床边观看电视新闻报道三年前政治阴谋事件，并宣布将重返政界并支持者欢呼声不断。雅塔则昏迷不醒，床头的桌子上放着一束鲜花，卡片上印有一个狼头标志...