《蓝色档案2008》是一部扣人心弦的国产剧，故事发生在二十世纪四十年代初的上海。背景设定在日寇投降前夕，围绕着日本驻上海特务机关梅机关头目松田祯昭密藏的一份名为《蓝色档案》的长期潜伏特务名单展开。
为了获取这份名单，国民党中统局派遣了中统特工赵康成功渗入梅机关内部。与此同时，国民党军统局也派遣了军统特工银狐和寒冰从重庆赶到上海执行同样的任务。赵康不惜牺牲与沈亚奇之间的爱情和自己的名誉，在与松田周旋并经受重重考验后，成功获得了松田的信任，并获取了许多绝密情报。
然而，银狐为谋取私利暗中勾结日本特务机关，并对中统特工进行暗杀。美国情报局对这份蓝色档案也觊觎不已，派遣美国中央情报特工逢天爵秘密合作银狐企图窃取该档案。为了打碎敌人的反扑阴谋，迎接全国解放，我党指派党的地下工作者贺德彪和沈亚奇伪装成国民党中统特工，与敌人展开殊死斗争。
起初，贺德彪和沈亚奇并不知道对方的真实身份，相互设防。然而，在首次执行中统任务时，沈亚奇表现出色，并取得了中统的绝对信任。但当赵康率领众特务执行任务时却错过了杀死沈亚奇最好时机，让日本人产生怀疑。此外，沈亚奇也分别受到国民党和共产党的猜疑。共产党特工方岩松暗中叛变国民党导致多处共产党地下组织被摧毁。
就在赵康接到国民党最高层命令回队之际，一直隐藏身份的沈亞啟将自己初恋赵康误认为汉奸并将其击毙。随着日本天皇准备投降，在中统局命令下, 沈亞啟荣任上海汇通银行总经理，并接管了该机构在上海的产业。军统局也派出寒冰和银狐前往上海，收回军统在该地的产业。然而，他们真正的目的是找到《蓝色档案》。
沈亚奇利用汇通银行总经理的身份与寒冰和银狐巧妙周旋，并成功为共产党购买了医疗设备和军火。逢天爵原本计划通过买卖军火揪出中统和军统内部潜伏的共产党特工，但未能如愿并遭受损失。背后策划挤兑汇通银行、试图打垮沈亚奇并暴露真相的逢天爵最终失败。
贺德彪最终找到了真正的《蓝色档案》，时间紧迫，他驱车穿过敌人哨卡将档案交给解放区……这部电影以扣人心弦、错综复杂的情节展现了那个时代特务斗争中各方势力之间错综复杂、尔虞我诈关系。同时也表达了主人公们为祖国解放而付出一切甚至牺牲个人感情与幸福生活所做出的伟大努力。