《夜来风雨》是一部扣人心弦的国产古装剧，由郭少雄和李文龙担任导演，张晨光、任东霖、秦堰、郝蕾和张子琪等众多实力派演员共同主演。故事背景设定在明朝孝宗弘治末年，当时孝宗病危，急需传位给太子。然而东宫却找不到太子朱厚照的踪影。与此同时，太子的皇叔宁王朱宸濠趁机闯入孝宗的寝宫，并采取了一系列手段。
在一个偏僻小客栈里，太子与一群市井无赖玩耍胡闹，并未离开。然而，在一次冲突中，他遭到了隐居名镇当世的王阳明和他师妹娄遗贤的袭击，并且被击伤。这个意外事件打乱了原本美好局面，引发了各种纷争和缘分交织。
整个过程中默默无言的老太监刘瑾身份低微却扮演着重要角色，在大明国运中起到了关键作用。宫中的争斗在孝宗突然从垂死中醒来后暂告一段落，但孝宗却变得更加猜忌和暴怒。他竟然挥剑要杀自己的亲生儿子太子朱厚照，并没有丝毫怜悯之意。太子昂然待死，眼中满是轻蔑和冷笑。
父子之间究竟有着什么样难以解开的恩怨呢？孝宗决定为了国家而灭掉自己的亲人。滴血长剑步步逼近太子，张皇后和其他大臣拼命相救，却引起了孝宗更加暴怒。他下令神机营士兵阻截，并且众人看到无法扭转局势时突然有人高喊：太子无辜！这让孝宗既惊讶又喜悦又愤怒。
原来胆敢触犯天威、挽救皇上的刀下骨肉的人是东宫中无职无权的刘瑾。尽管刘瑾口才了得，但他却难以欺骗明察秋毫的孝宗皇帝。在危急关头，正是刘瑾口中冒出三个字改变了所有人的命运——王阳明。
圣人峰上，王阳明和他的小师妹娄遗贤等人过着田园般平静而美好的生活，读书、作画、耕作。然而，刘瑾来到这里，并带来一块东广木牌。原来刘瑾是前来请王阳明先生下山的，因为除了阳明先生之外没有其他人能够担任太子的老师。如果太子没有一个合适教导他们成为合格太子和未来皇帝，则不配担任这个重要职位。
圣人峰上发生了许多事情：阳明被强盗袭击；刘瑾被扣押后与宁王相遇；还有一番较量发生在阳明、小师妹和宁王之间。两位既是劲敌又是知己，在死斗中彼此交锋。
除此之外，以李东阳为首的士大夫集团也极度抵触阳明进入朝廷。在众多敌人中，阳明勇敢地面对了孝宗的威压，并且顺应形势。太子朱厚照并非等闲之辈，在一连串闯祸中，阳明智计百出，解决了无数难题。他与太子关系日益亲近。
然而，在新婚当晚，小师妹得知了一切真相：自己曾经追求过的宁王竟然如此邪恶。在伤痛之余，她苦心劝说宁王离开，并最终与他回到江西封地。
历经艰辛后，阳明终于辅佐太子登基，并定年号为正德（即将来的武皇帝）。刘瑾如愿以偿地成为贵族，并期待着与阳明共享荣华富贵。然而，阳明下山并不是为了这个目标而来到这里；既然昔日朋友可以变成陌路人，那么今天的陌路人为什么不能成为明天的死敌呢？
幸运的是，在危急时刻安化王率领军队进驻京城。他一方面向朝廷示威、另一方面寻找机会推翻年轻的武宗。阳明、武宗、安化王、刘瑾以及年轻太后、朝中大臣和其他身边的人都被卷入了这场生死之战。双方你来我往，施展各种高招。
最终安化王在与武宗交锋中丧命。然而，阳明心爱的学生琥珀也不幸遭到暗算，并且隐藏在暗处的刘瑾对于阳明过人智慧感到惊讶和恐惧。此时的刘瑾控制着东西两厂，并扳倒了孝宗留下顾命大臣李东阳等三位重要人物。他似乎掌握着整个国家，在他手中任意挥舞权力。
而此时更加张扬个性的武宗行事怪异，是五千年来帝王中独一无二的存在。阳明陷入了进退两难的境地，他所说话已经让武宗感到不悦。失去了武宗支持后，阳明被贬为贵州，并遭受杖责和流放。
甚至圣人峰也被刘瑾指使东厂士兵围攻并摧毁。阳明在逆境中保持着坚定的信念，继续为国家和人民奋斗。
故事以生死之战的高潮展开，阳明与刘瑾、武宗、安化王以及其他角色之间的关系错综复杂。他们互相较量，施展各种智谋和手段。
最后，在众多曲折离奇的情