《恐龙战队第三季》是一部由导演Terence H. Winkless执导的电视剧，主要演员包括Karan Ashley、Jason David Frank和Catherine Sutherland。故事中，幽冥女王的兄弟阿達武士（Rito）加入了侵略地球的队伍，并且以压倒性的力量击败了金刚战士，摧毁了大连王和战斗白虎，指挥中心也在战斗中受损，使得金刚战士失去了超能力。
为了保护金刚战士们并让他们重新获得超能力，宇威利用指挥中心剩余的能量将他们送到忍者神庙。在前往神庙的途中，阿達武士派遣食人鸟追击金刚战士们。然而，在经历一番困难后，他们终于成功抵达神庙，并且通过见到可以制造超能硬币的忍者战士（Ninjor），获得新的超能力。
随后巴布猴、怪头陀和鱼匠人等找到了失落已久的无敌战将（Shogun Zords），玄冥大帝等人夺走了小晴的超能硬币和大明的战斗鹰，企图胁迫金刚战士为他们驾驶无敌战将征服地球。然而，大明潜入暗月宫内成功夺回硬币和战斗鹰，并且比利在操纵无敌战将时也夺取了控制权，使得玄冥大帝的计划失败。金刚战士因此多了五架新的生力军。
为了追求理想，小晴决定离开参加体操比赛训练。原本被幽冥女王下咒企图谋害金刚战士的凯特（Katherine），在破除魔咒后取代她成为新的粉红战士。然而没过多久，幽冥女王的父亲终极魔王发动魔法将时间倒转，使得金刚战士全部回到童年时期，并且失去了超能力。
为了抵御侵略，在第三季特别篇中，宇威从水柔星请来外星战士。至于变回儿童状态的各个金刚战士，除了比利通过机器很快恢复之外，其他人则到各地寻找奇奥水晶的碎片，希望将其收集后发动魔力使地球恢复原状。在伊莎在非洲寻找水晶时意外与远亲相逢，并且从此留在当地，由表姐唐娜带着水晶回到美国。
然而当所有的水晶凑齐让地球恢复原样后，天狼将军（Goldar）和阿達闯入指挥中心偷走了水晶并炸毁了那里。金刚战士的历史画上了句号，《异星战士》开始……