《魔法禁书目录第三季》是一部日韩动漫，属于动作、奇幻类别的动画剧集。该剧由导演锦织博、樱美胜志、铃木健太郎、桥本敏一和筱原正宽等执导，主要演员包括阿部敦、井口裕香和冈本信彦等。
故事发生在位于东京西部的巨大学园都市，这座城市总人口达230万人，其中约80%是学生。在这个特殊的城市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们被评价为从无能力Level 0到超能力Level 5的六个阶段。
主角上条当麻是一名高中生，在他右手隐藏着一种神奇的力量——名为幻想杀手Imagine Breaker的异能之力。然而，由于这种力量可以消除任何神奇加护甚至神灵之力，他被评价为名落孙山的无能者，并过着不幸的生活。
暑假开始时, 上条当麻平静了许久平凡而无趣得日子突然发生了巨大变化。一个纯白修女突然降临到他身边。自从与逃离魔法世界的禁书目录茵蒂克丝相遇后，上条就被卷入了各种各样的事件中。
在解决学园都市科学方和与茵蒂克丝有关的魔法方之间紧张事件过程中，他的人际关系也逐渐扩展。随后，魔法一方最大宗派罗马正教终于注意到了上条当麻的存在。与此同时，在科学方的学园都市中也发生了一些动作。
然而，并不是所有人都选择顺从这个对立趋势逐渐加剧的世界。有些英雄们开始抗争并对抗这个趋势，通过与上条当麻建立联系，并改变自己命运。他们勇敢地站出来面对这个世界，就像上条当麻曾经做过那样。
在科学和魔法第三次交织之时，故事将会迎来重大进展！