《忍者神龟第一季》是一部欧美动漫，结合了喜剧、动作、动画、惊悚和冒险元素。由导演Kevin Eastman执导，Michael Sinterniklaas、Wayne Grayson和Sam Riegel担任主演。故事背景设定在一个大约在198X年的日本，阿特姆施莱德收养了唐井这个天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人，并向她传授有关忍者的知识。阿特姆施莱德决定将唐井立为自己的继承人，并告诉她自己是外星人。
随后，阿特姆施莱德转战到美国，在纽约成为最富有和最有权势的资产家，掌握着整个城市黑暗势力。与此同时，他残忍地杀害了滨户良大师，滨户良是地球上保护流亡阿特姆者战士中备受崇拜和保护的守护者。滨户良曾多次请求五龙忍者裁判所帮助打败天狗施莱德，但裁判所只关心被封印起来的天狗，对阿特姆施莱德不予认可。这激怒了阿特姆施莱德，滨户良因朋友的背叛而与流亡者们一起逃离日本，并最终在美国被杀害。
幸运的是，滨户良的宠物鼠斯普林特与其他四只乌龟在纽约下水道接触到了阿特姆制作的变异液体，变成了近乎人形的变异生物。斯普林特开始训练这些乌龟，并传授给他们滨户良留下来的忍者功夫和知识，希望有一天能为主人复仇。
经过多年努力训练后，已经长大并展现实力的忍者神龟们遇到了他们宿敌施莱德。施莱德试图拉拢神龟之一李奥纳多为自己效力，但失败后与神龟展开第一次战斗，在斯普林特帮助下成功击退对方。随后不久，施莱德展开复仇行动，并重伤李奥纳多。在朋友的帮助下逃过一劫后，神龟们休养生息并返回纽约与施莱德进行第二次较量。
最终，李奥纳多用腾古之剑砍下施莱德的机器外壳头颅，但代价是失去了他们的父亲斯普林特的踪迹。为了寻找失踪的父亲，神龟们结识了流亡者一族，并深入了解到他们悠久而悲惨的历史。然而就在这时，施莱德再次出现，并展露真面目。阿特姆一族利用传送门逃离地球时，复仇计划被毁于一旦。
愤怒不已的施莱德决定与神龟同归于尽，在最后关头，神龟们利用传送门成功逃生，而施莱德则在爆炸声中消失无影无踪……