电影《女活佛》由李伟导演，普布卓玛、扎西顿珠、卓玛多吉和洛桑加央主演。故事发生在丹宁寺的大经堂内外，聚集了成千上万的喇嘛、达官贵人和虔诚的信徒，他们都在等待女活佛吉尊桑姆坐床大典的到来。
当铜钟响起时，大经师点燃圣火祭祀神灵，并将佛冠庄重地戴在女活佛头上，人们虔诚地跪拜在地上。突然间，管家朗杰急忙通知大经师世界屋脊发生了一件重要事件，并因此导致年迈的大经师晕倒在地。
夜幕降临时，女活佛为了驱除鬼魂而为大经师跳起了神马舞。贵族岗穹赛建议她出国以保护噶举派传承不断。于是女活佛建议开始准备行装。
然而，在她收到中共琼卡分工委来信劝她留下后，她毫不犹豫地将岗穹赛的来信扔到一边。大经师召唤司卜求卦，并得知结果是要出国。大经师无法接受这个结果而选择离世。
女活佛将大经师的后事交给管家，并与岗穹赛一同出国。在苍巴山谷边境时，女活佛的侍女白玛因误食毒蘑菇身亡。正当女活佛陷入困境之际，过去曾担任侍卫的罗旦和侍女竹嘎劝说她不要出国，并决定跟随她一同离开。
女活佛历尽艰辛最终抵达了印度，在途中偶然发现中国驻当地商务处所在地，并被岗穿赛建议注意到。某天老太太央宗拜访后，女活佛建立自己失去了佩戴的佛冠并因此精神受到了极大的刺激。
在昏睡中，她梦见自己已经死去。惊醒后，她被两个大汉绑架到了密林中，他们企图通过强奸并拍照来逼迫女活佛参加新德里会议。岗穹赛和罗旦及时赶到解救女活佛，但岗穹赛不幸被毒蛇咬伤。
为了治疗他的伤口，女活佛建议一行人暂时居住在央宗别墅内，并派遣罗旦去代理处与国内建立联系。女活佛给岗穿赛换药时，岗穿赛之妹敏姬喝下央宗送来的茶水后三天身亡。原来央宗是派来监视岗穿赛的人。
此事让岳父决定不再参与神圣事业，并决心帮助女活佛建回失去的佩戴物品。有一天，罗旦向女活佛建报告称代理处通知将有人绑架她参加会议，并请示如何应对情况，在商讨过程中却意外地被绑匪劫持。
戴着墨镜的岳父在监视下劝说女活佛参加会议，但遭到拒绝，于是将她软禁起来。夜幕降临时，一个店主送饭进入女活佛卧室，并请她穿上自己的衣服逃离险境。最终，女活佛成功回到祖国。
在她重新掌教的仪式上，有一个人跪拜在丹宁寺大经堂下面，在众人惊讶之中发现这个人竟然是岗穿赛……