《灰体》是一部国产动漫，它讲述了人类在经过漫长的发展后，在生命之河南方建立了一个统一的王国。随着时间的推移，人类王国变得异常强大，蒸汽文明达到巅峰。然而，由于领土有限和资源枯竭的问题，人类开始向北方扩张。然而，在北方出现了智慧果实使动物们突然拥有了智慧并自称为“灵”。这些“灵”认为人类只能算是伪灵，并以强大实力压制了人类的扩张。战争陷入僵持状态。
在GD0113年，“红河之战”爆发，将大陆卷入另一场千年战争。神秘势力插手其中，并屠杀参战部队，使整个战场变成末日般恐怖景象。“红河之战”后, 人类军团被迫撤退到南方的“叹息之渊”，任何越界行动都会引来神秘势力无情屠杀。
GD0137年10月15日，在东部沿海小镇约克镇发生了一起事件：大量居民死亡并长出黑色花朵。少数幸存者遭到由血液组成的怪物袭击而丧生。少年尼尔和机器人G逃离约克镇前往附近港口城市圣文迪斯求救。然而，16日，大批难民涌入圣文迪斯寻求庇护，但却在长出黑色花朵后纷纷死亡。短短几个小时内，黑色花朵像一场瘟疫一样蔓延开来，在城市中造成了大量死亡，并封锁了所有逃生的途径。
少年尼尔也被卷入这场恐怖的漩涡中，不得不面对这个世界残酷而真实的一面……